L’ESBS forme 3 masters :

• Biotechnologie Synthétique (Synthetic Biology)
• Biotechnologie et analyse haut débit (High Throughput Biotechnology)
• Biomédicaments : Conception et Production (Bioproduction)

Chaque master peut-être fait à l’université de Strasbourg ou en Allemagne (Freiburg ou Offenburg selon le master, mais seuls les projets de fin de M1 et M2 sont fait à l’étranger).

Une majorité d’étudiants dans le cursus ingénieur suivent en double diplôme un de ces master, car le diplôme est mieux reconnu à l’étranger.